版本不同两者的关系也不同，一种版本书中明白的说明，贾宝玉就是通灵宝玉的转世，另一种版本则说，贾宝玉是神瑛侍者转世，而通灵宝玉只是伴随宝玉的，根据不同版本解读宝玉和石头的关系，有些混沌不明，可能的原因，大概是原作意思明确，而后来的修改增补者，在原来的基础上修修补补，弄得本来的愿意模糊不清，再者修改者没有读透读懂原作的本意，所以，修改印刷时造成了混乱。
