县境古为僰道县地，汉属犍为郡。
南朝梁大同年间置南广县，为建县之始。
隋仁寿初避太子杨广讳改为南溪县，治所在涪溪口附近，与今宜宾市李庄镇隔江相望。
据《太平寰宇记》：“县在僰溪之南，因为名。
”（僰溪即南广溪。
）唐为戎州治。
宋乾德中，县治所由李庄镇北岸迁仙源坝奋戎城（今南溪镇）。
自宋起，南溪县先后隶属于戎州、叙州、叙州府、永宁道。
民国24年（1935年）属四川省第六行政督察区。
1950年属宜宾专区。
1968年后属宜宾地区，1997年后属宜宾市。
2011年，撤县设立南溪区。
