南京人的祖先这个问题有点复杂。目前据考古有两种可能：
一是1994年汤山葫芦洞中发现的发现的距今35万年的南京人头骨化石证明，这可能是南京人的祖先。
还有一处是五六十年代在鼓楼地区北鹰扬营处发现的一处古代人类遗址，其中发现了大量动物化石，以及人类活动的遗迹，可惜的是没有发现人类化石。但也说明了南京人的祖先起源的多样性。
